Pro rok 1979 dorazil na trh zcela nový Mustang. Větší a postavený na platformě „Fox“ se nový Mustang odklonil od menších kompaktních Mustangů minulosti. Interiér byl kompletně přepracován a nyní pohodlně pojmul čtyři osoby, i přes menší zadní sedadlo typické pro sportovní vůz. Nový Mustang také nabízel výrazně větší zavazadlový prostor a větší motorový prostor pro snadnější servis. Čtyřválec 2,3 litru z předchozího modelu pokračoval, ale byl zdokonalen. Tento čtyřválec byl nabízen až ve čtyřech variantách, včetně turbomotoru, a po roce 1987 dostal vstřikování paliva. Vůz Mustang II s motorem 2,8 l (171 cid) V6 vyráběným Fordem Europe byl k dispozici pouze v roce 1979.
Fordův řadový šestiválec 200 cid byl mnohem rozšířenější a snadněji udržovatelný. Později byl nabízen i 3,8litrový (232 cid) „Essex“ V6, který však byl stažen z nabídky před rokem 1987 a vrátil se až v další generaci Mustangu v roce 1994. V8 o objemu 255 cid byla nabízena v letech 1980 až 1982, ale hlavní sílu V8 představoval motor 302 cid (5,0 litru). Pro příznivce výkonu znamenal tento Mustang návrat ke kořenům. S motorem 302 byl rychlejší než nový Camaro z roku 1982 a s balíčkem LX byl dostupnější. Mustang přidal v roce 1983 kabriolet jako reakci na kabriolety Chrysleru z roku 1982. Camaro kabriolet nemělo až do konce osmdesátých let. Zatímco balíček LX byl nejrychlejším Mustangem, balíček GT byl často označován za nejrychlejší kvůli rozšířeným blatníkům, spoilerům a bočním lištám, ale skutečným výkonem byl LX, protože všechny tyto doplňky zvyšovaly hmotnost vozu. V roce 1984 byl nabízen vzácný Mustang SVO, který předznamenal pozdější designové prvky hlavní řady Mustangů, a v roce 1979 speciální edice „Indy 500“ pace car. Oba modely mají dnes vyšší hodnotu, stejně jako kabriolety. V roce 1987 dostaly Mustangi nový design, který silně připomínal dřívější SVO a dodal vozu aerodynamičtější vzhled v souladu s celkovým designovým směrem Fordu. Tento Mustang představuje nejdelší výrobu na jedné platformě.
V roce 1982 Ford znovu uvedl vysoce výkonný Mustang GT, který otevřel novou éru muscle car. Motor „5.0“ (ve skutečnosti 4,94 l, 302 in³) Windsor V8 podával tehdy slušných 157 hp (134 kW) a byl spojený se čtyřstupňovou převodovkou, agresivními pneumatikami a tuhou podvozkem. Reklamy té doby hlásaly: „The Boss Is Back.“ V letech 1983 a 1984 zvýšil čtyřkomorový karburátor výkon na 175 koní a 247 lb.ft točivého momentu. V roce 1984 měl Mustang dostat motor s výkonem 205 koní, ale jeho uvedení bylo odloženo na rok 1985, kdy byl výkon upraven na 210 koní a 270 lb.ft točivého momentu. Tento motor získal sílu díky novému agresivnějšímu vačkovému hřídeli s válečkovými zdvihátky, většímu karburátoru Holley 4-bbl, novému sacímu potrubí, méně omezujícímu výfukovému systému s dvojitými koncovkami a novým hlavám válců. Pro zájemce o úpravy dostal Mustang 85' kované písty místo pískovaných z předchozích let. Tato kombinace byla silná, ale krátkodobá, protože v roce 1986 debutoval první vstřikovaný motor 5.0. Podobně jako první 4.6 GT o deset let později, tento motor neměl vysoké otáčky a kolem 5200 ot./min začínal ztrácet výkon. Dobrou zprávou bylo, že do té doby byl velmi odolný díky hlavám válců Turbo-swirl označovaným „E6“, sacímu potrubí s dlouhými kanály, vyššímu kompresnímu poměru (9,25:1) a prvnímu skutečnému dvojitému výfukovému systému (se 4 katalyzátory) na Mustangu za více než deset let. Výkon byl hodnocen na 200 koní, což bylo o něco méně než v roce 1985, ale točivý moment vzrostl na 285 lb.ft. Tato kombinace zajistila nejširší křivku točivého momentu ze všech motorů 5.0 a zkušený řidič mohl s Mustangem GT z roku 1986 zajet čtvrt míle za vysoké 13 sekundy. V roce 1987 dostal Mustang hlavy válců téměř identické s těmi z roku 1985 a výkonnější sací potrubí, což zvýšilo výkon na 225 koní a točivý moment na 300 lb.ft. Nízká hmotnost těchto fox-body Mustangů spolu s výkonným motorem umožňovala dosahovat čtvrt míle v polovině 13 sekund u zkušených řidičů. V roce 1989 byl systém měření vzduchu speed density nahrazen systémem s měřením hmotnosti vzduchu. I když to mohlo motoru 5.0 ubrat 2 koně, Mustangy se díky tomu staly velmi přátelské k úpravám. V roce 1993, bez vysvětlení, Ford přešel na litinové eutektické písty ve všech motorech 5.0 a zároveň snížil výkon GT na 205 koní a 275 lb.ft točivého momentu, aniž by došlo k reálnému snížení výkonu. Skeptici tvrdí, že šlo o snahu, aby nově uváděné Mustangi s motorem 4.6 vypadaly na papíře lépe. Ford tvrdil, že změnil způsob hodnocení výkonu 5.0, ale skutečný výkon GT se pohyboval kolem 205–210 koní na zadních kolech, takže hodnocení bylo stále konzervativní. Byl představen nový model Cobra s umírněnějším designem než GT. Cobra používala nové výkonné komponenty Ford GT-40, měla velmi konzervativní výkon 235 koní a 280 lb.ft točivého momentu a dokázala zvládnout čtvrt míle v nízkých 13 sekundách. V roce 1993 existoval také model Cobra R se stejným motorem 302 in³ jako běžná Cobra. Spekulovalo se o verzi Cobra R s turbem a motorem 351 in³ V8 s výkonem 400 koní, ale ta se nikdy neuskutečnila.
V roce 1987 Mustang prošel první redesignem po osmi letech, který zahrnoval změny interiéru i exteriéru. Ačkoliv šlo o poslední větší redesign na mnoho let, popularita Mustangu zůstala vysoká díky nízké ceně a vysokému výkonu. „5.0“ Mustangi, vozy, které daly vzniknout celé aftermarketové scéně, jsou dodnes velmi oblíbené.
